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Utiliser Claude Code avec RStudio sur Mac

Vous disposez de RStudio sur Mac pour exécuter du code R et de Claude Code pour une aide à la programmation par IA. Ce tutoriel vous montre comment utiliser les deux outils ensemble sur les mêmes fichiers de projet. Vous allez créer un projet R, écrire du code manuellement, puis utiliser Claude Code depuis le Terminal pour l’améliorer avec des visualisations et des analyses, tout en gardant RStudio ouvert pour exécuter et tester votre code.

Concepts Clés

• Terminal - L’interface en ligne de commande de Mac où Claude Code s’exécute
• Fichiers partagés - RStudio et Claude Code travaillent sur les mêmes fichiers dans votre dossier Documents
• Flux de travail hybride - RStudio exécute le code ; Claude Code l’écrit et l’améliore

Ce Dont Vous Aurez Besoin

• Avoir terminé le guide Installer Claude Code sur Mac
• RStudio installé sur Mac
• 20-30 minutes

Étape 1 : Ouvrir RStudio sur Mac

• Appuyez sur Command (⌘) + Espace pour ouvrir la recherche Spotlight
• Tapez RStudio
• Appuyez sur Retour pour l’ouvrir
• La fenêtre RStudio s’ouvre avec plusieurs panneaux

Étape 2 : Créer un Nouveau Projet R

• Dans RStudio, cliquez sur File dans le menu supérieur
• Cliquez sur New Project…
• Sélectionnez New Directory
• Sélectionnez New Project
• Pour Directory name, tapez : test_claude
• Cliquez sur Browse à côté de “Create project as subdirectory of:”
• Naviguez jusqu’à votre dossier Documents
• Cliquez sur Open
• Cliquez sur Create Project
• RStudio crée le projet et bascule dessus

Étape 3 : Créer un Nouveau Script R

• Dans RStudio, cliquez sur File > New File > R Script
• Un nouveau script vide s’ouvre dans le panneau supérieur gauche
• Cliquez sur File > Save (ou appuyez sur Command (⌘) + S)
• Nommez le fichier : iris.R
• Cliquez sur Save

Étape 4 : Écrire le Code Initial Manuellement

Tapez ce code dans votre fichier iris.R :

data(iris)
str(iris)
summary(iris)

• Cliquez sur File > Save pour enregistrer vos modifications (ou appuyez sur Command (⌘) + S)
• Pour exécuter le code : sélectionnez toutes les lignes, puis cliquez sur le bouton Run (en haut à droite du panneau de script)
• Vous devriez voir le résultat dans le panneau Console montrant la structure et les statistiques du jeu de données

Étape 5 : Ouvrir le Terminal

• Ouvrez Finder et cliquez sur Applications dans la barre latérale gauche
• Ouvrez le dossier Utilitaires (Utilities)
• Double-cliquez sur Terminal
• La fenêtre Terminal s’ouvre

Étape 6 : Naviguer vers Votre Dossier de Projet

• Dans le Terminal, tapez cette commande :

  cd ~/Documents/test_claude
  

• Vérifiez que vous êtes au bon emplacement en tapant :

  ls
  

• Vous devriez voir iris.R et test_claude.Rproj listés

Astuce : Si vous n’êtes pas sûr du chemin exact, vous pouvez glisser-déposer le dossier depuis Finder dans le Terminal et le chemin complet apparaîtra automatiquement !

Étape 7 : Lancer Claude Code

• Dans le Terminal, tapez :

  claude
  

Connectez-vous avec votre abonnement Claude en suivant le tutoriel d’installation. Après vous être connecté, vous verrez un message de bienvenue et l’invite Claude Code. Si Claude Code vous demande si vous faites confiance aux fichiers de ce dossier, choisissez Yes et appuyez sur Entrée.

Étape 8 : Demander à Claude un Nuage de Points

Si Claude Code est lent ou ne répond pas, attendez simplement qu’il s’initialise. Ensuite, tapez cette demande :

Ajoute du code à iris.R pour créer un nuage de points de la longueur vs. largeur des sépales, coloré par espèce. Utilise ggplot2.

• Claude Code va lire votre fichier iris.R et ajouter le code de visualisation
• Si Claude demande la permission de modifier iris.R, choisissez Yes (utilisez les touches fléchées, puis appuyez sur Entrée)
• Attendez que Claude termine (vous verrez un message de confirmation)

Étape 9 : Exécuter le Nouveau Code dans RStudio

• Revenez à RStudio (cliquez sur la fenêtre RStudio ou appuyez sur Command (⌘) + Tab)
• Vous verrez peut-être une invite indiquant que le fichier a changé - cliquez sur Yes pour recharger
• Si le nouveau code n’apparaît pas, cliquez sur File > Reopen with Encoding…, choisissez UTF-8, puis cliquez sur OK
• Sélectionnez tout le code et cliquez sur Run
• Un nuage de points apparaît dans le panneau Plots (en bas à droite)
• Si vous obtenez une erreur concernant ggplot2, installez-le en tapant install.packages("ggplot2") dans le panneau Console

Étape 10 : Affiner le Nuage de Points

• Revenez au Terminal (appuyez sur Command (⌘) + Tab ou cliquez sur la fenêtre Terminal)
• Tapez cette demande :

  Supprime le titre. Change le type de marqueur par espèce. Passe au thème classique.
  

Étape 11 : Voir le Graphique Affiné

• Revenez à RStudio
• Rechargez le fichier si demandé
• Sélectionnez le code mis à jour et cliquez sur Run
• Le graphique devrait maintenant s’afficher sans titre, avec différentes formes de marqueurs pour chaque espèce, et utilisant le thème classique

Étape 12 : Demander à Claude un Graphique d’ACP

• Revenez au Terminal
• Tapez cette demande :

  Ajoute du code pour effectuer une ACP sur les variables numériques et tracer les échantillons en utilisant les deux premières composantes principales.
  

Étape 13 : Exécuter l’ACP

• Revenez à RStudio
• Rechargez le fichier si demandé
• Sélectionnez tout le code et cliquez sur Run
• Un graphique d’ACP apparaît montrant les échantillons projetés sur PC1 et PC2, colorés par espèce

Étape 14 : Demander à Claude de Réviser et Commenter

• Revenez au Terminal
• Tapez cette demande :

  Révise le script entier pour vérifier qu'il est correct. Ajoute des commentaires si nécessaire.
  

• Claude va réviser le code et ajouter des commentaires complets

Étape 15 : Demander à Claude de Créer un Document R Markdown

• Revenez au Terminal
• Tapez cette demande :

  Crée un nouveau fichier R Markdown pour cette analyse. Enregistre-le sous iris_report.Rmd
  

• Si Claude demande la permission de créer ce fichier, choisissez Yes
• Claude créera un nouveau fichier .Rmd dans votre dossier de projet

Étape 16 : Compiler le Fichier R Markdown

• Revenez à RStudio
• Cliquez sur File > Open File…
• Sélectionnez iris_report.Rmd et cliquez sur Open
• Cliquez sur le bouton Knit (avec une icône de pelote de laine) en haut du panneau de script
• Si RStudio indique que des packages tels que rmarkdown sont nécessaires, cliquez sur Install (ou Yes) et attendez la fin de l’installation, puis cliquez à nouveau sur Knit
• RStudio va générer un rapport HTML
• Le rapport s’ouvre dans une nouvelle fenêtre montrant votre analyse complète avec du texte narratif
• Le fichier HTML est enregistré dans votre dossier de projet

Dépannage

• RStudio n’affiche pas les modifications du fichier - Cliquez sur File > Reopen with Encoding…, choisissez UTF-8, puis cliquez sur OK pour recharger manuellement le fichier, ou fermez et rouvrez le fichier.
• “claude: command not found” - Assurez-vous d’avoir terminé le guide d’installation. Essayez d’ouvrir une nouvelle fenêtre Terminal, ou fermez Terminal complètement (Command (⌘) + Q) et rouvrez-le.
• Les graphiques n’apparaissent pas - Assurez-vous que ggplot2 est installé. Exécutez install.packages("ggplot2") dans la Console RStudio si nécessaire.
• “No such file or directory” - Vérifiez que vous avez tapé le chemin correctement à l’Étape 6. Essayez d’utiliser l’astuce glisser-déposer : glissez le dossier test_claude depuis Finder dans le Terminal après avoir tapé cd (avec un espace).
• Claude Code est lent lors de la première demande - Attendez 30-60 secondes pour que Claude s’initialise. Les demandes suivantes seront plus rapides.

Raccourcis Clavier Mac

Raccourcis utiles pour basculer entre les applications :

• Command (⌘) + Tab - Basculer rapidement entre les applications ouvertes
• Command (⌘) + ` (accent grave) - Basculer entre les fenêtres de la même application
• Command (⌘) + Espace - Ouvrir la recherche Spotlight (pour ouvrir des applications)
• Command (⌘) + Q - Quitter complètement une application

Prochaines Étapes

• Essayez de demander à Claude d’ajouter des tests statistiques (tests t, ANOVA) à votre analyse
• Demandez à Claude d’écrire une version Python de ce code et de préparer un document Quarto
• Demandez à Claude de créer des fonctions pour les tâches répétitives dans vos scripts R
• Utilisez Claude pour déboguer les messages d’erreur lorsque votre code R ne s’exécute pas
• Explorez la possibilité de demander à Claude d’optimiser du code R lent pour de meilleures performances

Résumé du Flux de Travail

Cette configuration hybride combine le meilleur des deux mondes :

• RStudio (Mac) - Console R interactive, visualisation immédiate des graphiques, interface graphique familière pour exécuter le code
• Claude Code (Terminal) - Génération de code assistée par IA, révision et amélioration
• Fichiers partagés - Les deux outils travaillent sur les mêmes fichiers dans votre dossier Documents
• Raffinement itératif - Commencez avec du code manuel, améliorez-le avec Claude, testez dans RStudio, puis affinez davantage
• Documentation - Claude peut générer des rapports et des commentaires complets pour votre analyse

Le flux de travail est simple : écrivez ou modifiez du code avec Claude dans le Terminal, puis testez-le et exécutez-le immédiatement dans RStudio. Aucune copie de fichiers ni synchronisation manuelle n’est nécessaire : les deux applications accèdent aux mêmes fichiers de manière transparente sur votre Mac.

Créé par Steven Ge le 11 décembre 2025.